Verder wordt door hardlopen de doorbloeding van je hele lichaam, dus ook van je darmen, beter. Die betere doorbloeding zorgt ervoor dat de darmen meer zuurstof en voedingsstoffen krijgen en zo hun werk beter kunnen doen. Bovendien blijven daardoor de spieren van de darmen actief en sterk. Veel mensen zullen merken dat ze een regelmatiger stoelgang krijgen als ze meer gaan sporten en bewegen.
In wetenschappelijk onderzoek vindt men steeds vaker aanwijzingen dat regelmatig hardlopen ook nog eens een gunstig effect heeft op ons microbioom; al de bacteriën en andere micro-organismen die zich in je maag-darmstelsel bevinden. Met name het aantal ‘goede’ bacteriën blijkt door hardlopen toe te nemen. Nu blijkt er een relatie te bestaan tussen de samenstelling van onze darmbacteriën en ons psychisch functioneren. Zo worden in wetenschappelijke onderzoeken relaties gevonden tussen de samenstelling van onze microbioom en bv depressie, ADHD en autisme.